非常に走り書きで申し訳ありませんが、情報が無く有意義だと思いましたので掲載します。

【症状】
Adobe Flash Pro CS5 で iPhone(iPad)アプリのipaファイルが出力されない

【詳細】
「p12ファイル」も「プロビジョニングプロファイル」も正しく設定しているのに、ipaファイルが出力されずに
tmpファイルやフォルダが出力される。

【対策】
プロジェクトファイルを、日本語のない階層に保存。
(C:\ios\test.fla 等)
日本語名のフォルダで上記症状が出ておりましたが、英数のみのフォルダへ移動したところ解決しました。